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けつあご日記

こんちは.菊地です.なんか浅ーいことをいろいろ書きます

やっぱりanacondaにする話【なれない日記20160701】

なれない日記 Python


兵庫から帰ってきた.例の実験施設に行った時は福亭というレストランによく行く.というか夜は福亭以外食べるところがない.感謝の意を込めてリンク貼ろ.
fukutei.biz

前回に引き続き環境ばかり整備してる.はやく機械学習しろよ.

anacondaのほうがいい気がしてきた

6/29にhomebrewでいろいろ入れたのだが,研究室OB(非常に韓国人顔なので,サカナクション先輩と呼ぶことにする)が私の日記を見て連絡をくれた.まとめると「anacondaがベター.あとpythonはもうそろそろ3がよい.」とのこと.anacondaは必要なツールなどをまとめたパッケージになっていて一括で全部入るし管理が楽らしい.創薬業界では今やanaconda環境が推奨されているらしい.たしかに,昨日の時点で自分の環境がいったいどうなっているかもはやわからなくなっていた(早すぎる).pyenvとかvirtualenvとかまだよくわかってないし,簡単な構成になるのに越したことはない.

また,かつてはanacondaじゃないほうが速い*1と言われていたらしいが,今はそんなこともなくもはやanacondaにしない理由は特にないという意見もある.
mofoolog.hateblo.jp

というわけでanacondaにしよう.

Homebrewをまっさら(?)に

brew remove --force $(brew list)

でいろいろ入れたものを全て消した.($マークってこんな風にも使うのか...コマンドラインが使いこなせてないのは良くない...毎回webからコピペで使ってるのが悪い.つらい.)これでちゃんとHomebrewで入れたものが綺麗サッパリなくなったのかは疑問だが,とりあえずおk.

statsbeginner.hatenablog.com
こちらを参考にしようとしたが,まだ私はそんなに入れまくってないのでbrewで消すだけでいいだろうと判断した.

pyenvとanacondaのインストール

基本的にこちらを参考に.
qiita.com

pyenvってなんなんや.virtualenvとはどう違うんや...どうやらこういうことらしい.
cocodrips.hateblo.jp

まぁちゃんと開発をやって初めて便利さが分かるんだろう.今の私にはよくわからない.とりあえず2個上のリンクを参考にpyenv+anacondaを入れていった.

.zsh_profileじゃないのかぁ

参考リンクにはpyenvのpythonをmac標準のものより優先させるためのPATHを.bashrcもしくは.zshrcに書け,とあったが,私の記憶では「PATHは.bash_profileに書くもの」.先日zshにしたばかりで設定ファイルとかもまだなかったので,.zsh_profileを作成.ここに参考リンク通りにPATHを記述.

python --version

したが,2系のままだった.

which python

すると,/usr/bin/pythonだそうだ.パス通ってないっすね!調べてみると.zsh_profileなんてものはないらしく,.zprofileだそうだ.初見殺しだ.ファイル名を変えてみるとうまくいった.もっとzshと仲良くならないとなあ.

.bashrcなのか.bash_profileなのかという件についてはこちらが分かりやすかった.
qiita.com

今回はexportする環境変数なので.zprofileで正解で良いという感じかしら.zshの場合の設定ファイルの説明は↓が詳しい.これは後で読む.
qiita.com

openCVのインストール

多分opencv3ってのを入れればいいので,

conda install -c https://conda.anaconda.org/menpo opencv3

やっぱりopencv入れるときはbrewだろうがanacondaだろうが時間かかるのね...

tensorflowのインストール

tensorflowもインストールする.どうやら少し悩ましいところがあるっぽい.これ以降は明日やろう.
datalove.hatenadiary.jp

SublimeTextでも動かしたい?

SublimeTextに慣れてしまっているので,以上の環境もSublimeTextで動かしたい.多分そこまで大変じゃない.はず.でもせっかくなんだからanacondaのIDE使えばよいのでは?Spyderってやつか.明日調べて悩もう.


↓アフィカスリンク

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*1:Intel製の行列ライブラリMath Kernel Libraryというのが標準搭載じゃなかったことによるらしい